●「／三ノ宮（さんのみや）」のようなパターンを閲覧タブを見た時にナントカエラーと出る（あるいは何も表示されない）
これは途中にカタカナがや平仮名が入っている単語にルビを振ろうとすると起こる現象です。《振り仮名：三ノ宮｜さんのみや》という表記を使えばエラーにならず、望んだ結果になります。
●左ルビは現在Safariでは表示できない
新バージョンでは文字の左右にルビ（振り仮名）をつけられるようになりました。でもSafariだけどうやっても言うことを聞いてくれないので、現在Safariで見ると左ルビが表示されないかもしれません。Edge、Chrome、Firefoxではおおむね表示されると思います。
●左ルビが長くなると、下の文字の左ルビと重なってしまう。
これは表示上だけの問題で、翻刻データが壊れているわけではありません。表示は現状だと直すのが難しいので放置されています。
●カーソルがある場所の文字を消そうとすると、数文字上、数行右の文字が消えてしまう
開発者曰く、ふりがなが増えると発生する現象、だそうです。ふりがながなくても、《割書：｜》を使うなどしても発生するかもしれません。開発者は違うって言ってたけど、行が長くなるだけでも発生してるような気がします。
その場合、どこか邪魔にならない場所に半角スペースを入れると直ることがある、ということをニコ生で言ってました。実際やってみると、直ることもあれば、全然だめなこともあるみたいです。
この件は、新たなエディターの開発で修正される予定、とのことですが開発者多忙で作業が滞っているようです。
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ほかにもあったような気がするんですが、今思い出せるのはこれだけです。上記は「どうしても不便、直して！」と思う場合は全体フォーラムで要望してみてください。